Abstract
The progression of the severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) pandemic in Africa has so far been heterogeneous, and the full impact is not yet well understood. In this study, we describe the genomic epidemiology using a dataset of 8746 genomes from 33 African countries and two overseas territories. We show that the epidemics in most countries were initiated by importations predominantly from Europe, which diminished after the early introduction of international travel restrictions. As the pandemic progressed, ongoing transmission in many countries and increasing mobility led to the emergence and spread within the continent of many variants of concern and interest, such as B.1.351, B.1.525, A.23.1, and C.1.1. Although distorted by low sampling numbers and blind spots, the findings highlight that Africa must not be left behind in the global pandemic response, otherwise it could become a source for new variants.
| Original language | English (US) |
|---|---|
| Pages (from-to) | 423-431 |
| Number of pages | 9 |
| Journal | Science |
| Volume | 374 |
| Issue number | 6566 |
| DOIs | |
| State | Published - Oct 22 2021 |
| Externally published | Yes |
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In: Science, Vol. 374, No. 6566, 22.10.2021, p. 423-431.
Research output: Contribution to journal › Article › peer-review
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T1 - A year of genomic surveillance reveals how the SARS-CoV-2 pandemic unfolded in Africa
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N1 - Publisher Copyright: © 2021 American Association for the Advancement of Science. All rights reserved.
PY - 2021/10/22
Y1 - 2021/10/22
N2 - The progression of the severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) pandemic in Africa has so far been heterogeneous, and the full impact is not yet well understood. In this study, we describe the genomic epidemiology using a dataset of 8746 genomes from 33 African countries and two overseas territories. We show that the epidemics in most countries were initiated by importations predominantly from Europe, which diminished after the early introduction of international travel restrictions. As the pandemic progressed, ongoing transmission in many countries and increasing mobility led to the emergence and spread within the continent of many variants of concern and interest, such as B.1.351, B.1.525, A.23.1, and C.1.1. Although distorted by low sampling numbers and blind spots, the findings highlight that Africa must not be left behind in the global pandemic response, otherwise it could become a source for new variants.
AB - The progression of the severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) pandemic in Africa has so far been heterogeneous, and the full impact is not yet well understood. In this study, we describe the genomic epidemiology using a dataset of 8746 genomes from 33 African countries and two overseas territories. We show that the epidemics in most countries were initiated by importations predominantly from Europe, which diminished after the early introduction of international travel restrictions. As the pandemic progressed, ongoing transmission in many countries and increasing mobility led to the emergence and spread within the continent of many variants of concern and interest, such as B.1.351, B.1.525, A.23.1, and C.1.1. Although distorted by low sampling numbers and blind spots, the findings highlight that Africa must not be left behind in the global pandemic response, otherwise it could become a source for new variants.
UR - http://www.scopus.com/inward/record.url?scp=85118485974&partnerID=8YFLogxK
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U2 - 10.1126/science.abj4336
DO - 10.1126/science.abj4336
M3 - Article
C2 - 34672751
AN - SCOPUS:85118485974
SN - 0036-8075
VL - 374
SP - 423
EP - 431
JO - Science
JF - Science
IS - 6566
ER -